在正式接管后，为摸清包商银行的“家底”，接管组在2019年6月以市场化方式聘请中介机构，逐笔核查包商银行的对公、同业业务，深入开展资产负债清查、账务清理、价值重估和资本核实，全面掌握了包商银行的资产状况、财务状况和经营情况。
清产核资的结果，一方面印证了包商银行存在巨额的资不抵债缺口，接管时已出现严重的信用风险，若没有公共资金的介入，理论上一般债权人的受偿率将低于60%;另一方面，也为接管组后续推进包商银行改革重组工作奠定了坚实的基础。
2019年10月，包商银行改革重组工作正式启动。为实现处置成本最小化，接管组最初希望引入战略投资者，在政府部门不提供公共资金分担损失的前提下，仅通过收购股权溢价款，抵补包商银行的资不抵债缺口。但由于包商银行的损失缺口巨大，在公共资金承担损失缺口之前，没有战略投资者愿意参与包商银行重组。
为确保包商银行改革重组期间金融服务不中断，借鉴国外金融风险处置经验和做法，并根据国内现行的法律制度框架，人民银行、银保监会最终决定采取新设银行收购承接的方式推进改革重组。
同时，为保障包商银行的流动性安全，接管以来，中国人民银行在接受足额优质抵押品的前提下，向包商银行提供了 235亿元额度的常备借贷便利流动性支持。
2020年1月，接管组按照市场化原则，委托北京金融资产交易所，遴选出徽商银行作为包商银行内蒙古自治区外四家分行的并购方，并确定了新设银行即蒙商银行股东的认购份额和入股价格。
