2022年2月26日，一名女信众到玄奘寺地藏殿寻找自己供奉的牌位，僧人庆玄、禄玄与几名游客一起帮助寻找，其间发现了侵华日军战犯牌位，一游客拍下照片。庆玄随即撤下5名侵华日军战犯牌位，当晚将此事告知住持传真，传真要求严禁外传，此后一直未向主管部门报告。7月21日，拍照游客将照片发布到社交平台，被大量转发，引起社会高度关注。
经公安机关广泛走访、全面深入调查，吴啊萍供奉侵华日军战犯牌位属个人行为，未发现其受人指使或与他人共谋的情况。据吴啊萍供述，她到南京后了解到侵华日军战犯的***，知道了松井石根等5名战犯的罪行，遂产生心理阴影，长期被噩梦缠绕；在接触佛教后，产生了通过供奉5名侵华日军战犯“解冤释结”、“脱离苦难”的错误想法；同时了解到美国传教士魏特琳女士在侵华日军南京大**期间保护女性的善举，因受战争刺激，回国后在家中***，想通过供奉帮其解脱。经调查，2017年3月以来，吴啊萍曾因失眠、焦虑等症状，先后3次到医院就诊，并服用镇静催眠药物。吴啊萍出于自己对因果释结的错误认知和自私自利的动机，在明知5名被供奉者为侵华日军战犯的情况下，仍出资在宗教活动场所为其设置牌位，严重违背了佛教扬善惩恶的教义教规，严重破坏公共秩序，严重伤害民族感情，造成恶劣社会影响，涉嫌犯寻衅滋事罪，已被公安机关刑事拘留，案件正在进一步审理中。
此次事件发生后，南京市宗教事务管理部门对玄奘寺进行了调查处理。玄奘寺对被供奉者身份没有进行核查，发现供奉侵华日军战犯牌位后，虽已撤下但一直隐瞒不报。根据《宗教事务条例》相关规定，南京市玄武区民宗局已责令玄奘寺进行整顿，并已撤换传真玄奘寺主要负责人职务；市佛教协会同时免除传真副会长职务。对反映的玄奘寺及相关人员其他问题线索，有关部门将依法依规进一步调查处理。
