就在人们似乎要松一口气时，供职于美国国立卫生研究院（NIH）的病毒学家哈维发现，仍有大约八成的输血感染患者，甲肝和乙肝病毒检测为阴性。这意味着有另一种病毒引发了肝炎。1975年，哈维将这种肝炎命名为“非甲非乙型肝炎”。科学家开始寻找这种病毒，一找就是十几年。
在研究丙肝病毒时，黑猩猩似乎是唯一能被感染的非人类生物，而黑猩猩的饲养并不便宜。1983年，美国凯龙公司（Chiron）决定出资支持一项大规模研究。科学家先让黑猩猩感染“非甲非乙型肝炎”，然后将血清交给凯龙公司分析。
1987年，就职于凯龙公司的迈克尔·霍顿小组与布拉德利（Daniel W. Bradley）等人合作，用一种全新的分子克隆方法，分离出丙肝病毒的RNA片段。他们给哈维打去电话，因为哈维已经开发了一种测试板，只有真正找到病毒的人，才能鉴别出所有的非甲非乙肝炎样本。哈维惊奇地发现，凯龙公司真的通过了测试。1989年，霍顿将这种病毒命名为丙肝病毒（HCV）。哈维感叹说：自己可能要将诺奖拱手相让了。
此后，科学家们发现，有88%的病例不属于甲肝或乙肝，而是由丙肝造成。新的筛查方法被应用于各地血库。1992年，丙肝病毒几乎从血库中绝迹，人们因输血和使用血制品换上丙肝的概率趋近于零。为此，2000年，阿尔特和霍顿共同获得美国拉斯克医学奖；2013年，阿尔特和布拉德利又获得了加拿大盖尔德纳国际奖，但因为与霍顿合作的两位同事未获奖，这位“讲究团队精神”的科学家拒绝接受奖项。
发现了丙肝病毒，下一步便是研究疫苗或治疗药物。由于丙肝病毒的外包膜蛋白序列高度变异，研发疫苗至今都未成功。而研发药物时，科学家发现：丙肝病毒不仅不会在实验室细胞培养皿中繁殖，甚至注射进黑猩猩的肝脏也未必会繁殖。而无法培养丙肝病毒，就不可能开发出药物。
美国病毒学家莱斯认为，丙肝病毒基因组末端存在一个特殊区域，对病毒复制至关重要；丙肝病毒的变异也会阻碍病毒复制。莱斯比较了大量丙肝病毒RNA，找到它们的RNA“共有序列”，将这条标准RNA注射到黑猩猩体内，成功复制病毒并引发黑猩猩感染丙肝病毒。
在莱斯之后，德国病毒学家巴滕施拉格（Ralf Bartenschlager）将丙肝病毒RNA“共有序列”进行了更多删减，只保留病毒复制所需的最少信息。凭借修改后的病毒，巴滕施拉格找到了能让丙肝病毒在实验室内复制的细胞系。而莱斯在此基础上，又研究了丙肝病毒的整个生活周期，并建立起了研究HCV感染的人源化小鼠模型。这也让丙肝药物的开发从此踏上了坦途。
